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Los comienzos del actual Instituto Pirenaico de Ecología son ya antiguos. La Estación de Estudios Pirenaicos, su primer antecesor, se fundó en octubre de 1942, ubicándose en la ciudad de Jaca, si bien no fue operativa hasta el año siguiente. No era un instituto de investigación, sino un recurso de apoyo a investigadores foráneos que trabajasen en la zona pirenaica, y que se gestionaba, principalmente, desde Barcelona. En 1948 la estación se convirtió en Instituto de Estudios Pirenaicos, adquiriendo una estructura más formal.
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Las actividades del Instituto en esta época eran principalmente la organización de congresos de estudios pirenaicos, la edición de diversas publicaciones (“Pirineos”, “Monografías del Instituto de Estudios Pirenaicos”, etc), la preparación de cursos, conferencias y actos académicos, y las salidas de trabajo. No existía una línea de trabajo preferente; el Instituto se consideraba orientado a la geografía en un sentido bastante amplio, pero acogía y publicaba investigaciones sobre geografía, flora, fauna, etnografía, historia, lingüïstica, arqueología, sociología, etc., siempre en el marco común de los Pirineos. Inicialmente, pues, el Instituto de Estudos Pirenaicos tenía una orientación basicamente geográfica
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En 1963 el Consejo Superior de Investigaciones Científicas creó en la ciudad de Jaca un segundo instituto de investigación, el Centro Pirenaico de Biología Experimental. Esta creación fue una contribución española al programa Biológico Internacional, entonces vigente. El nuevo instituto se orientaba también al estudio de los Pirineos, pero desde una perspectiva ecológica. Dotado de un mínimo de personal pudo iniciar pronto un trabajo de investigación activa, pero sólo inicialmnte se circunscribió al Pirineo, abarcando luego en su campo otros sistemas montañosos y definiéndose, posteriormente, como un instituto de ecología de montaña.
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Tres años después el director del Centro Pirenaico de Biología Experimental se hizo cargo también de la dirección del Instituto de Estudios Pirenaicos, centro que carecía casi por commpleto de personal. La centralización en Jaca de los recursos de ambos institutos y la unificación de su dirección permitieron una mejor coordinación de las labores respectivas. Las primeras dotaciones de plazas permanentes para ambos institutos tuvieron que esperar, de todos modos, a los primeros años de la década de los setenta, momento en que se alcanzó una operatividad suficiente
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En 1983, veinte años después de la fundación del Centro Pirenaico de Biología Experimental, y bajo una nueva dirección, este instituto y el de Estudios Pirenaicos se fusionaron en un centro único, naciendo así el Instituto Pirenaico de Ecología. Éste orientó su trabajo hacia el estudio ecológico de los sistemas montañosos, centrando su actividad en los Pirineos, pero sin limitarla a esta cadena y ocupándose también de otros ambientes cuando sus especialistas eran requeridos para ello
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La última etapa de la evolución del Instituto Pirenaico de Ecología se inicia en 1990, cuando, para dotarle de una mayor operatividad, el Consejo Superior de Investigaciones Científicas crea para el mismo una nueva sede en Zaragoza, menteniendo la sede de Jaca. La orientación del Instituto no ha cambiado aunque se halla cada más involucrado en trabajos relativos a la conservación de los sistemas naturales y la conservación y restauración ecológica.
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